Naczelnik Pionu Specjalnego to najwyższy patentem komisarycznym — Wysokiego Komisarza — funkcjonariusz Pionu Specjalnego będący jego zwierzchnikiem i posiadający dostęp do wszelkich przetwarzanych przez departamenty Pionu Specjalnego informacji. Polecenie służbowe NPS, choć wydawane stosunkowo rzadko, wiąże każdego funkcjonariusza Pionu. Wysoki Komisarz może też zgodnie z własną wolą całkowicie kształtować unormowania wewnętrzne Pionu Specjalnego i dobierać komisarzy dowódczych jego departamentów i komórek organizacyjnych.
Naczelnik Pionu Specjalnego jest bezpośrednim łącznikiem Pionu z Zarządem jako członek Rady Wykonawczej i codziennie rano wraz z resztą naczelników bierze udział w odprawie Zarządu.
Wysoki Komisarz obsługiwany jest przez swoją Kancelarię, na którą składa Zastępca Naczelnika i najznamienitsi funkcjonariusze komisaryczni Autorytetu. Ze względu na strategiczną rolę i skalę działalności NPS względnie rzadko bezpośrednio angażuje się w konkretne sprawy Pionu, powierzając nadzór nad jego działalnością pozostałym członkom Naczelnictwa.
Zastępca Naczelnika Pionu Specjalnego to drugi najważniejszy funkcjonariusz komisaryczny Pionu Specjalnego, posiadający patent Komisarza Generalnego. Osoba ta, oprócz pełnienia funkcji zastępcy NPS, czuwa nad procesem wdrażania rozkazów NPS. Co do zasady też — reprezentuje on przed Naczelnikiem całą kadrę Pionu Specjalnego, a nie żaden departament.
Komisarz Generalny to przyjazna twarz dla każdego funkcjonariusza komisarycznego, gotowa do reprezentowania go w zakresie jego praw i obowiązków, a także potrzeb zawodowych i osobistych przed organem zwierzchnim. Ponadto ZNPS w imieniu personelu może podejmować czynności względem komisarzy dowódczych Pionu Specjalnego będące jego prerogatywami służącymi zabezpieczeniu dobra ogółu i każdego funkcjonariusza komisarycznego w zgodzie z obowiązującymi zarówno pragmatykami służbowymi, jak i standardami postępowania.
Komisarz Generalny, tak jak NPS, obsługiwany jest przez Kancelarię Naczelnika Pionu Specjalnego i najznamienitszych funkcjonariuszy komisarycznych Autorytetu.
Wizytator Pionu Specjalnego to trzeci najważniejszy funkcjonariusz komisaryczny Pionu Specjalnego, posiadający patent Komisarza Rewizyjnego. Wizytator odpowiedzialny jest za przeprowadzanie wizytacji oraz lustracji departamentów Pionu Specjalnego. W celu skutecznego wykonywania tych obowiązków Wizytator ma prawo żądania dostępu do wszelkich informacji Pionu Specjalnego, w tym do przesłuchania każdego funkcjonariusza komisarycznego, w celu kontroli zgodności działania departamentów z obowiązującym prawem wewnętrznym i standardami postępowania.
Wizytator obowiązany jest przeprowadzić wizytację każdego departamentu przynajmniej dwa razy w roku. Pierwsza wizytacja ma miejsce od początku stycznia do końca maja, a druga — od początku lipca do końca listopada. Pomiędzy wizytacjami w danym departamencie muszą upłynąć co najmniej trzy miesiące. Wizytator nie uprzedza żadnego komisarza dowódczego o terminie wizytacji. Ponadto, na skargę, wniosek lub w wyniku innego rodzaju napływu podejrzeń względem prawidłowości funkcjonowania danego departamentu, Wizytator może w dowolnym terminie przeprowadzić jego lustrację.
Zgromadzenie dwóch konsekutywnych ocen negatywnych dokonanych w trakcie wizytacji jest zwykle jednoznaczne z obowiązkiem złożenia wyjaśnień przed Naczelnikiem i możliwością utraty stanowiska.
Komisarz Rewizyjny obsługiwany jest przez Biuro Wizytacyjno-Lustracyjne i najznamienitszych funkcjonariuszy specjalnych Autorytetu, wyspecjalizowanych w dziedzinach ekonomii, rachunkowości i szeroko rozumianego audytu.
Szef Delegacji Pionu Specjalnego to czwarty najważniejszy funkcjonariusz komisaryczny Pionu Badawczego, posiadający patent Komisarza Wykonawczego. Szef Delegacji odpowiada za organizowanie zatrudnienia w Naczelnictwie, przepływ funkcjonariuszy komisarycznych, wysyłanie pełnomocników do innych pionów oraz przyjmowanie pelnomocników innych pionów.
Szef Delegacji jest także odpowiedzialny za zapewnianie współpracy między departamentami, poprzez prowadzenie postępowań pojednawczych, a jesli to nie pomoże, to poprzez wydanie rozkazu. Ostatnim obowiązkiem Szefa Delegacji jest czuwanie nad należytym obsadzeniem ekspozytur Autorytetu funkcjonariuszami komisarycznymi i w celu tym w każdej ekspozyturze powołuje spośród delegowanych do Naczelnictwa funkcjonariuszy, uwzględniając opinie departamentowych ich przełożonych, pełnomocnika Pionu Specjalnego oraz samodzielnych specjalistów ds. analizy ryzyka anomalnego.
Komisarz Wykonawczy obsługiwany jest przez Biuro Delegacyjne i najznamienitszych funkcjonariuszy komisarycznych Autorytetu.
Referat Spraw Specjalnych to komórka organizacyjna Naczelnictwa obsługująca Komisarza Dowódczego RSS. Funkcjonariusze RSS, nazywani agentami specjalnymi, odpowiadają za nadzorowanie konkretnych czynności prowadzonych przez Naczelnictwo w departamentach, a także wspomagają organy Naczelnictwa w kwestii zadań wykraczających poza kompetencje zwykłych funkcjonariuszy komisarycznych, np. prowadzenia lub wspomagania dochodzeń prowadzonych w departamentach oraz pomiędzy nimi w zakresie wiedzy i umiejętności kryminalistycznych.
Najważniejszym jednak zadaniem agentów specjalnych jest wykrywanie, badanie, zapobieganie i przeciwdziałanie nieposłusznej wobec Naczelnictwa działalności departamentów, a także ujawnianie prób ukrycia przed Naczelnictwem pewnych spraw. Stąd właśnie większość lustracji przeprowadzanych przez Wizytatora spowodowana jest napływem raportów agentów specjalnych działających jawnie lub w trybie zakonspirowanym.
Od agenta specjalnego wymaga się wszechstronności, szczególnych predyspozycji do wykrywania fałszu, umiejętności grafologicznych, bojowych, wyburzeniowych, szpiegowskich oraz kryminalistycznych. Powoływani są oni spośród najwybitniejszych funkcjonariuszy komisarycznych, którzy przeszkoleni zostają przez Centralny Wywiad Autorytetu.
Główny Ośrodek Specjalny to stacja Autorytetu, z której prowadzone jest dowodzenie całym tym obszarem funkcjonalnym. W gmachu GOS mieszczą się biura organów Naczelnictwa: Kancelaria Naczelnika, Biuro Wizytacyjno-Lustracyjne, Biuro Delegacyjne oraz Biuro Dowódcy Referatu Spraw Specjalnych.
Ponadto w Głównym Ośrodku osobiście działają zwierzchnicy wszystkich departamentów Pionu Specjalnego. Są to: Komisarz Dowódczy Departamentu Analizy Ryzyka, Komisarz Dowódczy Departamentu Operacji Specjalnych oraz Komisarz Dowódczy Departamentu Maksymalnej Izolacji.
Ze względu na szczególne znaczenie dla bezpieczeństwa i zdolności operacyjnej Autorytetu GOS nigdy nie może stać się przedmiotem żadnych wpływów anomalnych. Stacja przygotowana jest na bombardowanie, przejście fali uderzeniowej, ataki chemiczne i biologiczne, ale najważniejsze — na zarządzanie całym Pionem Specjalnym w każdych, choćby najgorszych warunkach.
