Uniwersytet Autorytetu (UA) jest wewnątrzorganizacyjnym departamentem o charakterze uczelnianym. Mimo że pod względem administracyjnym związany jest on najściślej z Prezydium, ciągły udział zarówno w charakterze studentów, doktorantów i słuchaczy, jak i wykładowców, mają w nim pracownicy i funkcjonariusze pozostałych pionów. Naczelną misją UA jest kształcenie kadr Autorytetu.
Podjęcie studiów w UA może mieć charakter obligatoryjny, gdy przełożony stwierdzi, iż dany pracownik nie posiada odpowiednich kwalifikacji lub zyskanie kolejnych umożliwi mu lepsze wykonywanie obowiązków lub też uprawni go do awansu. Poza tym większość funkcjonariuszy Pionu Ochronnego przechodzi szereg szkoleń zmilitaryzowanych.
Skierowanie do UA może mieć charakter obligatoryjny, zarówno przed nawiązaniem stosunku służbowego, jak i przed promocją na pierwszy stopień podoficerski lub oficerski. Jednakże każdy pracownik, niezależnie od profilu zawodowego, może podjąć z własnej inicjatywy studia na dowolnym kierunku. Częstokroć funkcjonariusze Pionu Ochronnego nie mają zbyt wielu okazji do zdobycia stopnia naukowego, więc nie budzi zastrzeżeń obserwowany w ostatnich latach coraz częściej fenomen podejmowania przez funkcjonariuszy studiów doktorskich. Ostatecznie zaletą dobrowolnego studiowania w UA jest fakt, iż zdobycie nowych kwalifikacji będzie zawsze atutem w oczach osób decydujących o awansach, a nadto umożliwi w razie konieczności zmiany środowiska zawodowego szybkie przekwalifikowanie pracownika.
Zwierzchnikiem merytorycznym uczelni jest Rektor Uniwersytetu Autorytetu, wyznaczany spośród prorektorów i dziekanów na mocy głosowania Rady Wykonawczej na pięcioletnią kadencję. Zwierzchnikiem administracyjnym szkoły jest Kanclerz wyznaczany przez Dyrektora Generalnego Autorytetu. Rektor dobiera zastępców w postaci prorektorów ds.: studiów cywilnych, studiów służbowych, studiów doktorskich oraz przewodów akademickich, a także wyznacza dziekanów dla każdego wydziału uczelni. Wykładowcą UA może być każdy pracownik Autorytetu posiadający kwalifikacje co najmniej II stopnia.
Studia cywilne umożliwiają zdobycie kwalifikacji I i II stopnia. Możliwe jest ich odbywanie na różnorakich kierunkach studiów prowadzonych przez wydziały odpowiadające konkretnym dyscyplinom naukowym, a także studiów interdyscyplinarnych i podyplomowych. Studia cywilne trwają od 2 do 3 lat, a podyplomowe — rok.
Studia służbowe przeznaczone są przede wszystkim dla funkcjonariuszy, albowiem kierunki w ramach nich prowadzone dotykają zagadnień typowo militarnych. Wyjątkowo tylko dla funkcjonariuszy pisemnie skierowanych na takie szkolenie przewidziano kilka wydziałów o charakterze utajnionym, jak np. Ośrodek Kształcenia CWA. Pracownicy niebędący funkcjonariuszami, nie mogą uzyskać stopnia wyższego niż szeregowy (marynarz), chyba że dokonają przekwalifikowania i podejmą służbę, dzięki której nabędą doświadczenie wymagane do uzyskania wyższego stopnia — osoby takie zwolnione są z odbywania szkoleń dla przyszłych podoficerów i oficerów. Studia służbowe trwają od 2 do 3 lat.
Studia doktorskie przewidziane są dla posiadaczy kwalifikacji co najmniej II stopnia. Wyjątkowo, z rekomendacją trzech pracowników naukowo-dydaktycznych z tytułem naukowym profesora, wolno udział w studiach takich zapewnić osobie posiadającej kwalifikacje I stopnia, która przejawia wybitne predyspozycje akademickie. Studia takie trwają od 2 do 3 lat, z czym ostatni rok stanowi przewód doktorski i cykl praktyk dydaktycznych. Doktorant zobowiązany jest do miesiąca przed ukończeniem studiów przedstawić rozprawę doktorską i dokonać jej publicznej obrony. Osoba, która studia doktorskie ukończy w tym trybie, uzyskuje stopień naukowy doktora określonej dziedziny nauki.
O ile część studiów doktoranckich prowadzona jest w instytutach, katedrach, zakładach, pracowniach oraz laboratoriach Uniwersytetu Autorytetu, doktoranci mają prawo również do uczestnictwa w działalności departamentów Pionu Badawczego oraz prowadzonych tam projektach, o ile zgodę na to wyrażą ich kierownicy.
Doktorowie, którzy posiadają swój stopień od co najmniej 50 miesięcy, i zgromadzili pokaźny dorobek naukowy lub dydaktyczny, mogą wnieść do UA o otwarcie przewodu habilitacyjnego. Osoba taka następnie przygotowuje rozprawę habilitacyjną, po czym dokonuje jej obrony przed komisją wyznaczoną przez Prorektora ds. Przewodów Akademickich. Skuteczna obrona pracy habilitacyjnej prowadzi do uzyskania stopnia naukowego doktora habilitowanego określonej dziedziny nauki. Doktorowie habilitowani uprawnieni są do prowadzenia projektów badawczych oraz do realizacji samodzielnych badań.
Doktorowie habilitowani normalnie (wyjątkiem jest Naczelnik Pionu Badawczego i Pionu Przechowalniczego) mają jeszcze jedną możliwość awansu naukowego, a mianowicie mogą wnieść do Prorektora ds. Przewodów Akademickich o nadanie tytułu naukowego profesora określonej dyscypliny nauki. Tytuł ten przysługuje najznamienitszym pracownikom nauki, którzy posiadają dorobek tak pokaźny, iż nie ulega wątpliwości, że wywarły istotny wpływ na kształt danego zakresu wiedzy. Kandydaci do tytułu naukowego profesora nie bronią żadnej pracy. Ich jedynym obowiązkiem jest przedstawić swój dorobek i uargumentować, dlaczego zasługują na nadanie tego tytułu.
Naczelnik Pionu Badawczego z momentem powołania na to stanowisko przez Zarząd zostaje wypromowany — bez względu na to, jakie stopnie i tytuły wcześniej posiadał — na dożywotni tytuł Pierwszego Profesora. Naczelnikowi Pionu Przechowalniczego należy się w tym trybie natomiast tytuł Pierwszego Inżyniera.
